Keindahan alam Raja Ampat, tidak hanya dipermukaan atau di dalam airnya saja, tetapi juga hingga ke "perut bumi" di dalam gua-gua karst, yang menampilkan fitur-fitur yang indah dan menarik. Sejak zaman dahulu kala, gua-gua ini telah ada, dan kini menyimpan sejarah dan memori dari leluhur Raja Ampat. Gua-gua alam yang menjadi kanvas manusia zaman prasejarah melukis ceritanya, yang kemudian runtuh secara alami meninggalkan tebing-tebing dengan lukisan cadas yang kini tengah dikaji dan diajukan menjadi Cagar Budaya Raja Ampat. Wisata gua atau caving bisa menjadi alternatif liburan Anda di Raja Ampat!